Kafa na prazan stomak nekima može pomoći da se brže razbude, ali kod osjetljivijih osoba može izazvati nervozu, nemir ili nelagodu u želucu, posebno ako se pije umjesto doručka.
Problem nije nužno u samoj kafi, već u navici da ona zamijeni prvi obrok u danu. Doručak organizmu osigurava energiju i može pomoći u održavanju stabilnijeg nivoa šećera u krvi, zbog čega se preporučuje da se uz jutarnju kafu ipak nešto pojede.
Kada se kafa na prazan stomak pije odmah nakon buđenja, kofein se može apsorbovati brže nego kada se konzumira uz hranu. Proteini i masti iz obroka mogu usporiti njegovu apsorpciju, pa djelovanje kofeina može biti postepenije.
Kod osoba koje su osjetljivije na kofein brzo djelovanje može se manifestovati kroz nervozu, nemir, osjećaj napetosti ili drhtavicu. Reakcija, međutim, nije ista kod svih, pa nekima jutarnja kafa bez hrane neće izazvati izraženije tegobe.
Još jedan mogući problem odnosi se na probavni sistem. Kafa može podstaći lučenje želučane kiseline, zbog čega kod pojedinih osoba može izazvati žgaravicu ili osjećaj nelagode.
Stručni pregledi koji su se bavili utjecajem kafe na probavni sistem potvrđuju da ona može povećati lučenje želučane kiseline, ali nalazi o njenoj povezanosti s refluksom nisu potpuno usaglašeni.
Zbog toga kafa na prazan stomak nije nužno problem za svaku osobu, ali oni koji nakon nje osjećaju nelagodu, nervozu ili žgaravicu mogu pokušati da je piju uz doručak ili nakon prvog obroka.

